时间飞快过去！两个月后一天，关于大蛇丸进行'人体禁术试验'报告就被暗部放在了三代火影的办公桌上。木叶高层的大佬们还是对这位三忍中最为强硬的强者，展开了最直接，也最致命的猛烈一击。事情接下来的发展几乎就和原作中没有什么两样了。尽管三代火影知道大蛇丸一些受高层支持下才进行的试验但是三代火影迫于压力，带人直接突袭大蛇丸的实验室。
三代火影带人进入试验室尽管先前有心理准备但是还是被情形惊呆了，在地下室到周围，密密麻麻的摆放着数百个婴儿的容器，有的上出生不到几个月，有的是成长到几岁的小孩子，不知道是什么原因，一些孩子的身体几乎腐烂，皮肤爆裂，同时鲜血将整个容器沾满！找了下数百个孩子啊，存活下来的仅仅只有三个啊！只有一个是全身完好的啊！三代火影含泪水喃喃道："天啊！大蛇丸，你究竟干了些什么，居然对如此的孩子下这种毒手。""把这些孩子的尸体处理下，把那存活下来的孩子带到医务部，好好的照看！"三代擦掉了眼泪，沉寂着脸对着暗部说道！"猿飞，这是怎么回事？"在三代刚进来不久，木叶的两大顾问和几个长老到了这里，同时也被眼前的一幕震惊了，"这难道是大蛇丸干的？""交给我去处理吧！"三代在心中亦不希望是大蛇丸所为，只是在他家中实验室中发现，就肯定和他有关系，"为会还这些孩子一个公道的！"
"猿飞，这件事还是交予我们根来完成吧！跟随两大顾问和几个长老进来的团藏说道。"团藏，我知道怎么做的，既然是我种下的祸害，自然要由我来消除，但是，现在还不能确定大蛇丸就是这次事件的凶手啊！"见团藏也来插上一手，三代就觉得里面不太简单了，对于大蛇丸在心中的份量，那可是将自己的全部投入才培养出来的啊！接着宇智波漩涡也冷冷道："团藏你为什么要查大蛇丸！要查轮不到你啊！竟然大蛇丸是三代大人的徒弟应该由三代大人去查。"接着所有人点了点表示认同。团藏心中暗道："如果杀掉了大蛇丸，三代的势力就会失去强大的三忍之一，大蛇丸叛逃，这无疑也是对三代以及水门信任的打击，于公于私，自己都是赢家，而自己却不需要付出多大的代价！"
"三代大人，找到了！"一名感知型的忍者，解开了某处洞穴上的幻术，看着里面漆黑神秘的洞穴，对着三代说道！
三代接近这不起眼的洞穴，感觉着刚才幻术的手法和洞穴中传出的熟悉气息，瞳孔不由一缩，心中大叹，没想到，还真的是你啊！大蛇丸！
洞穴下面是幽暗的小道，蜿蜒屈伸，看似普普通通，但却危机四伏！正地下室研究的大蛇丸，突然接到几条小蛇通报突然一震，"什么，有人入侵了！"接着喊道"猿飞老师！"大蛇丸的瞳孔猛然一缩，警惕的看着三代和猿魔。
"大蛇丸，到底你房间里的地下室，藏着的那些孩子究竟是怎么回事！"三代的气势顿时油然而生，澎湃的杀气直直的压向大蛇丸！现在的三代才50岁，虽然已经快要步入老年，但是还是保持着巅峰时期八九分的实力！能成为五大国最强的火影，这样的气势，即便是身为三忍之一大蛇丸也是不能抗衡的！感受到三代身上不减当年的气势，大蛇丸的脸色变的铁青！大蛇丸玩味道："啊！那些孩子是依照初代所用的实验品，为了让初代的血继限界能够再次出现，我提取了初代的细胞，移植到那些孩子身上，不过可惜，全都死了！"三代有点恨铁不成钢的吼道："大蛇丸，你知道你在做什么吗？他们只是孩子啊，还有，你居然还在这里进行活体的人体试验！你知道你在做什么吗？你竟然还说的那么轻巧！"
大蛇丸怒道："哼！两个月以前！你知道两个月以前我才下决心做这个实验的！就是因为你想要把火影的位置给波风水门哪个小子！老头子！我有那点不如那个小子了！"三代火影眼睛湿润道："是吗？原来是我！但是你可以告诉我！"大蛇丸癫狂道："可恶！告诉！告诉你有用吗？！"随即大蛇丸眼色一黯道："猿飞老师，你不觉得现在说这些已经晚了啊。""猿飞，动手吧！"猿魔双手开始结印，想要变成金箍棒。
"………"三代陷入了沉默，大蛇丸一脸复杂了看了看三代火影然后跪了下来道："猿飞老师再见！这是我最后一次叫你老师了！"说完破开边上的墙壁，快速的逃离！谁也没有发现，大蛇丸转身的一霎那，一滴眼泪从他眼中滑落，谁说，蛇没有感情呢？
"猿飞，你会为你自己这个决定后悔的！"猿魔停止了结印，轻叹一声！三代无力的传达下这个命令，沧桑的声音仿佛又苍老了几十岁一般道"传令下去，木叶忍者大蛇丸正式叛逃木叶，为S级叛忍！""什么！大蛇丸叛逃了！"第一时间，大蛇丸叛逃的消息传遍了整个木叶，接着传到了自来也那里，脸色苍白的听着传话忍者的话！自来也立即来到了火影办公室内只听道三代火影对暗部部长道："暗部，传达命令下去，围剿追捕大蛇丸。"
自来也咒骂道："可恶"马上推开办公室的大门，风风火火的去寻找大蛇丸，昔日最重要的伙伴暗部部长在接到火影命令之后，快速召集了所有暗部忍者道："各分队马上围剿追捕叛忍，大蛇丸"