然而，《五藏山经》所描述的山川有些是存在的，特别是《中山经》里的山，《五藏山经》本是以一些真实的山川为基础来叙事的，但说到荒远无稽的极地，已是无能为力，只能凭借想象向壁虚构了。到清人编《四库全书》，则说其侈谈神怪，百无一真，是直小说之祖耳。入之史部，未为允也，遂改列子部小说家类。
在班固《汉书·艺文志》中，著录有《山海经》十三篇，并将其列为数术略中形法类之首，但所列仅目，内容早佚。传世《山海经》全书篇幅不大，不到三万二千字，包括《山经》和《海经》两大部分。
《山经》分为《山海经·南山经》《山海经·西山经》《山海经·北山经》《山海经·东山经》《山海经·中山经》5个部分，故《山经》又称作《五臧山经》或作《五藏山经》，臧藏为古今字。
《海经》分为《山海经·海外经》《山海经·海内经》。其中《山海经·海外经》包括《山海经·海外南经》《山海经·海外西经》《山海经·海外北经》《山海经·海外东经》4个部分；《海内经》包括《山海经·海内南经》《山海经·海内西经》《山海经·海内北经》《山海经·海内东经》4个部分。
《山海经》的篇章结构与众不同。除《大荒经》以下五篇外，其方位展开顺序不是习以为常的东南西北，而是有悖常法的南西北东。蒙文通曾经据此为论据之一指出，《山海经》是古代南方即古巴蜀和楚人的作品，故在篇章安排上以南方为首，后人也多袭其说。但是，先秦典籍甚多，经现代学者梳理后，并未见到有与此类似的事例，因此，倘若单凭此点，今人少有采信。
《山海经》是一部充满着神奇色彩的著作，内容无奇不有，无所不包，蕴藏着丰富的地理学神话学民俗学科学史宗教学民族学医学等学科的宝贵资料，它的学术价值涉及多个学科领域，它大量地有条序地记载了当时中国的自然地理要素及人文地理的内容，如山系水文动物植物矿藏国家地理经济社会文化风俗等，细心钻研，深入探讨，就不愁没有新发现。
《山海经》虽然不是纯粹的地理书，但其地理学内涵是第一位的，它从各个方向有秩序有条理地记叙各地的地理特征，包括自然地理特征和人文地理特征。
首先，《山海经》有自然地理记述。这包括记载了许许多多的山，如堂庭之山杻阳之山青丘之山箕尾之山等，而每座山的命名是根据山的地貌而定的，这些山也体现了山系的走势；以及极其丰富的水文记载，河流大都记明了源头和注入之处，河流的发源地可以在某一山麓，而它的注入处却远离此山。